На самой границе Леса находится долина Ветров, один из немногих уцелевших оплотов человечества. Люди Долины поклоняются ветру: он защищает их от ядовитых спор, приводит в движение лопасти бесчисленных мельниц, помогает добывать энергию. Они живут в гармонии с природой и не участвуют в конфликтах других стран. Но их мирной жизни приходит конец, когда в Долине терпит крушение летательный аппарат воинственного государства Тольмекии (В русском переводе манги: Торумекия) со страшным грузом на борту. Самолёт перевозил украденного у княжества Фивы (Педжитей в русском переводе манги) циклопа, использование которого привело к окончательной гибели нынешней человеческой цивилизации. С его помощью Тольмекия собирается сжечь Лес и подчинить себе остальные страны. Её войска захватывают долину Ветров и мирное княжество оказывается втянуто в кровопролитную войну за власть над миром.

Остановить же этот конфликт пытается принцесса долины Ветров, Навсикая. Несмотря на свой юный возраст, Навсикая — девочка мудрая и решительная, а главное — она любит всё живое в мире, в том числе ядовитых лесных насекомых. У принцессы особый дар приручать и успокаивать любых животных, даже гигантских омов. С началом войны Навсикая оказывается в самом центре событий. Она пытается уберечь жителей Долины, убедить правительницу Тольмекии Кушану (в манге: Ксиана) не использовать циклопа, объяснить, что Лес и его обитатели — не такое однозначное зло, каким они кажутся недальновидным людям. В своей попытке всех спасти и вразумить Навсикае придётся пройти долгий путь, увидеть кровь, человеческую подлость и жестокость природы. Но и это не переубедит смелую принцессу, исполненную симпатии и сострадания ко всему живому.

Навсикая из Долины ветров - это очень серьезное произведение. В нем поднимаются важнейшие глобальные проблемы, имеющие для человечества огромное значение. Особенно сейчас, когда люди нещадно эксплуатируют Землю и засоряют ее отбросами своей деятельности, уничтожают друг-друга и бомбят мирные города из-за топливных ресурсов. Поэтому увидеть этот фильм должны все - в 21 веке он очень актуален.
Первая проблема, затрагиваемая в фильме - это проблема взаимоотношений человека и природы. В 20 веке, достигнув огромных высот в области научно-технического, промышленного развития, человек возомнил себя "Царем природы", "Венцом жизни на Земле", практически приравнял себя к Богу. Природа перестала быть для него храмом, как раньше, а стала мастерской. Очень давно люди жили с ней в гармонии, относились к ней с благоговейным трепетом. Сейчас ситуация изменилась. Вся Земля покрылась бесчисленными заводами и фабриками, отравляющими воздух и воду своими стоками, мегаполисы давно стали смогополисами, интенсификация земледелия и использование в нем химикатов привели к загрязнению почв и грунтовых вод, десятки а может и сотни видов поставленны под угрозу уничтожения. Люди сводят леса, осушают болота, разрушают верхний слой почвы, приводя его к опустыниванию, сбрасывают в океан токсичные и радиоактивные отходы. Природе наносится огромный урон. Она гибнет. Но природа может очень жестоко отомстить людям - и это в фильме и было показано. Мы видим нашу планету через 1000 лет после глобальной катастрофы. Скорее всего это была 3 мировая война, которая велась с применением оружия массового уничтожения, но и до этого имели место катастрофы, оказавшие тяжелейшее влияние на весь живой мир. Это было тяжелейшее загрязнение окружающей среды. В сочетании с радиацией, это привело к страшным мутациям всего живого. Токсичный лес - это ответный удар природы на все злодеяния человека. Люди, естественно, пытались с этим бороться, многие призывали уничтожить, сжечь лес. Но все эти попытки были бессмысленны - природа все равно сильнее. Единственный, кто понимал, что с ней надо жить в гармонии - это княжна Навсикая. Она с самого раннего детства любила жизнь во всех ее проявлениях. Ей было жалко даже жуков-омов, хотя они и считались врагами людей. Ее безграничная любовь ко всем живым существам, ее окружающим - это та добродетель, которой большинство современных людей начисто лишены. Для них ничего не стоит наступить на редкий цветок, поохотиться на зверя из красной книги, порыбачить динамитом, оставить после себя костер, который приведет к ужасному лесному пожару. Да те же туристы оставляют после себя такой срач, что хочется взять их, и тыкнуть в него мордой, как котенка в свое гавно!
Именно Навсикая пришла к открытию, что заражен не Лес, а земля, на котором он растет. Более того, Лес эту землю очищает. Следовательно, он тоже необходим людям. Навсикая спасла жителей Долины ветров во многом потому, что понимала Омов. Они были для нее не враги, а такие же живые существа, как и люди. Рискуя соей жизнью, она спасла детеныша Омов, которого фиванцы использовали в качестве приманки, и тем самым заслужила их прощения.
Другая глобальная проблема - это проблема войны. В начале нам показывают мирное княжество в Долине ветров, живущее в гармонии с окружающим миром. Но, волею судьбы, оно оказалось втянуто в противоборство между двумя воинственными соседями - Тольмекией и Фиванским княжеством. Причиной войны был конфликт за обладанием Титаном - страшным чудовищем, способным уничтожить все, что угодно. Титан - это не что иное, как аллегория на ядерное и термоядерное оружие. Тольмеки представлены как собирательный образ западной воинственной империи. Вних что-то от рыцарей-крестоносцев (мечи, доспехи, щиты), что-то - от Третьего Рейха (танки, пулеметы, внешний вид простыХ, небронированных пехотинцев), что-то от США. Это западная держава без привязки к какой-то конкретной стране и исторической эпохи. Фиванцы же представляют собой мусульманский Восток - извечный противник Запада. Даже лица у них явно арабские. Княжество Долины ветров вызывает исторические ассоциации с древними славянами - народом трудолюбивым и упорным. Они - мирные жители, им завоевания не нужны, но если на них нападет враг - готовы стоять до последнего. На славян намекает также то, что правит ими не король, не царь, а именно князь.
Мирное поселение оказалось между двух огней, между молотом и наковальней, оккупированное одним врагом и под ударом другого. И только Навсикая понимает весь ужас и всю бессмысленность войны. Она единственная, кто понимает, что кровопролитие - это тупик. Насилие породит только ответное насилие.